Annotation des cellules musculaires squelettiques

Annotation des cellules musculaires squelettiques

Les maladies mitochondriales sont individuellement peu communes, mais elles constituent collectivement le trouble métabolique le plus courant, touchant 1 personne sur 5 000. Elles peuvent entraîner de graves handicaps et avoir une incidence négative sur l’espérance de vie des patients.

L’analyse de ces images a nécessité l’annotation semi-automatique de milliers de muscles squelettiques dans des images IMC de biopsies musculaires de patients. 

Pour comprendre les maladies mitochondriales, la première étape consiste à différencier et à établir le profil de toutes les maladies existantes. C’est ce que Newcastle a fait en analysant des images de fibres musculaires squelettiques obtenues par IMC (Imaging Mass Cytometry). 

Pour entraîner son modèle de profilage des maladies mitochondriales, nous avons besoin d’images de cytométrie de masse (IMC) sur lesquelles les cellules malades sont annotées avec une précision au pixel près.

Notre solution

Pour cette tâche experte, nous avons établi une communication étroite avec le client par le biais d’e-mails et de fichiers de questions-réponses. 

Nous avons utilisé l’outil d’annotation recommandé par le client : Zeiss Aviris - Cet outil est particulièrement adapté à l’annotation des données microscopiques. 

Nous avons aussi créé une annotation spéciale pour que les experts puissent revoir les cellules les plus difficiles à annoter.

L’absence de lignes directrices pour les annotations a été un grand défi au début. Cependant, en posant de nombreuses questions au client, nous avons finalement clarifié la tâche !

Des réunions hebdomadaires ont été prévues pour traiter les problèmes potentiels et les cas exceptionnels.

  • Nous avons annoté en moyenne une cellule par minute avec une segmentation parfaite au pixel. 
  • Il y a eu jusqu'à 10.000 cellules par image ! 
  • Nous avons sélectionné et formé 10 annotateurs et un chef de projet. 
  • Nous avons sélectionné des annotateurs ayant une expérience réussie de projets d'annotation d'images microscopiques. 
  • La communication et l'organisation furent essentielles, car il arrive que les experts ne soient pas d'accord entre eux.

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